第95回全国高校サッカー選手権に九州・沖縄地域からは第94回全国高校サッカー選手権優勝で高校年代最高峰のリーグ、プレミアリーグWEST所属の東福岡(福岡)、無失点優勝で選手権への切符を手にした長崎総科大附らが全国の舞台に立った。
 前回大会優勝で連覇を狙った東福岡東邦(愛知)、鹿児島城西(鹿児島)を連破するも、迎えた準々決勝でDF吉田純平にゴールを許すとそのまま東海大仰星(大阪)に逃げ切られまさかの8強で姿を消した。2年ぶりの全国となった佐賀東は初戦となった2回戦で鵬学園(石川)をFW中里知己らのゴールによって4-0で下すも続く3回戦では滝川第二(兵庫)に完封負けを喫し3回戦敗退となった。
 昇格組ながら無敗のまま2016年のプリンスリーグ九州を制し、選手権予選は無失点のまま長崎予選を制した長崎総科大附は1回戦で強豪・桐光学園(神奈川)を下すも2回戦ではリーグ戦では2戦2勝だった鹿児島城西との九州対決に敗れ2回戦敗退となった。
 大分は初戦で中京(岐阜)を撃破するも2回戦では滝川第二(兵庫)に0-6で敗れた。プレミアリーグWEST所属の大津らを撃破し全国大会に駒を進めたルーテル学院鵬翔那覇西は初戦敗退となった。

▽九州・沖縄
東福岡福岡)・・・8強
佐賀東佐賀)・・・2回戦
長崎総科大附長崎)・・・
大分大分)・・・2回戦
ルーテル学院熊本)・・・1回戦
鵬翔宮崎)・・・2回戦
鹿児島城西鹿児島)・・・3回戦
那覇西沖縄)・・・2回戦

▽第95回全国高校サッカー選手権
第95回全国高校サッカー選手権日程結果一覧