5月21日、28校が参加する「岐阜県高等学校総合体育大会兼平成28年度全国高等学校総合体育大会兼第63回東海高等学校総合体育大会サッカー競技県予選」の2回戦が各会場で開催された。

　1回戦で岐山を下した関商工と前回大会優勝の岐阜工の一戦は1-0で岐阜工が勝利。同準優勝の帝京大可児と東濃実の一戦は9-0で帝京大可児が勝利し8強入りを決めた。また、昨年度の選手権出場校の各務原と飛騨高山の一戦はDF山田大夢らのゴールで4点を奪った各務原が4-0で勝利し初戦を突破した。

　2回戦の試合結果は以下の通り。

2回戦

日程	対戦カード
2016.05.21	帝京可児	9 - 0 試合終了	東濃実	(0)
2016.05.21	大垣西	0 - 1 試合終了	岐阜北	(0)
2016.05.21	長良	2 - 0 試合終了	県立岐阜商	(0)
2016.05.21	麗澤瑞浪	1 - 6 試合終了	中京	(0)
2016.05.21	各務原	4 - 0 試合終了	飛騨高山	(0)
2016.05.21	岐阜	1 - 0 試合終了	大垣工	(0)
2016.05.21	吉城	0 - 2 試合終了	郡上	(0)
2016.05.21	関商工	0 - 1 試合終了	岐阜工	(0)