夏の全国総体を懸けた「高校サッカーインターハイ長崎予選」の3回戦が6月6日に開催され、長崎南山、創成館、海星、国見らが16強入りを果たした。前回大会優勝校で昨年度の選手権出場校の長崎南山は西陵に6-0で勝利。同準優勝の創成館は長崎東に勝利し次戦に駒を進めた。また、同4強の国見や同8強の海星も16強入りを果たした。

　3回戦の試合結果は以下の通り。

3回戦

日程	対戦カード
2016.06.06	長崎総科大附	4 - 0 試合終了	長崎南	(0)
2016.06.06	国見	2 - 1 試合終了	諫早商	(0)
2016.06.06	長崎日大	3 - 1 試合終了	佐世保工	(0)
2016.06.06	西陵	0 - 6 試合終了	長崎南山	(0)
2016.06.06	猶興館	1 - 2 試合終了	大村工	(0)
2016.06.06	長崎東	0 - 5 試合終了	創成館	(0)
2016.06.06	長崎北陽台	0 - 2 試合終了	島原商	(0)
2016.06.06	長崎明誠	1 - 5 試合終了	海星	(0)