2015年度全国総体出場校で高校年代最高峰のリーグ、プレミアリーグWESTで戦う大津（熊本）、2016年度全国総体熊本県予選覇者で今年1月に行われた新人戦王者の熊本国府などが出場した熊本予選を制したのは東海大熊本星翔（熊本）だった。39年ぶりの出場となる全国総体初戦では近江（滋賀）と激突する。また、新人戦に続き鹿児島を制し県内2冠を達成したFW高橋大悟擁する神村学園（鹿児島）は済美（愛媛）と、佐賀を2年連続で制した佐賀東（佐賀）は8年連続での全国総体出場となる尚志（福島）と対戦する。さらに、大分代表の:柳ヶ浦（大分）は 旭川実（北海道2位）と、宮崎代表の日章学園は富山第一（富山）と、沖縄代表の那覇西は帝京第三（山梨） とそれぞれ対戦する。

▽出場校一覧
福岡予選：東福岡（6年連続15回目）
佐賀予選：佐賀東（2年連続13回目）
長崎予選：長崎総科大附（2年連続3回目）
大分予選：:柳ヶ浦（3年ぶり2回目）
熊本予選：東海大熊本星翔（39年ぶり2回目）
宮崎予選：日章学園（2年連続13回目）
鹿児島予選：神村学園（6年ぶり4回目）
沖縄予選：那覇西（2年連続15回目）