清商の強さが目立つ
1989年1月1日に開幕した1988年度第67回全国高校サッカー選手権大会は準決勝が当初予定された1月7日、昭和天皇崩御に伴い、国民服喪のため準決勝と決勝はそれぞれ2日延期となった。決勝ではMF名波浩、MF藤田俊哉、MF三浦文丈、FW山田隆裕ら擁する清水商(静岡)がFW山田の決勝ゴールにより、後に芸人として活躍するペナルティーの脇田寧人(ワッキー)と中川秀樹(ヒデ)がいた市立船橋(千葉)を1-0で下し日本一に輝いた。そして、平成となった最初の夏、高知で行われた全国総体でも清水商が6-2で大宮東(埼玉)を下し夏の高校日本一に輝いた。
この年、1989年から2010年まで開催されていた日本サッカー第2種年代(18歳以下)の大会、高円宮杯全日本ユース(U-18)サッカー選手権大会(※高円宮杯U-18サッカーリーグが後継大会)のプレ大会が開催され、清水商が制し翌1990年から公式戦としてスタートした。同大会は1998年の第8回大会までは高体連勢が圧倒。しかし、翌1999年の第9回はベスト4を全てクラブユースチームが占め、ジュビロ磐田ユースが制しクラブユース勢の台頭が始まった。