参加校は55校。加盟登録数の多い北海道・埼玉県・千葉県・東京都・神奈川県・愛知県及び大阪府、そして開催県の三重県から2チームが出場する。前回大会8強の都道府県の代表8校と、開催県である三重県第1代表の三重が2回戦から登場。大会初日となる7日は各会場で1回戦が行われる。
2014年、2015年と大会連覇を果たした高校年代最高峰のリーグ、プレミアリーグWEST所属の東福岡(福岡)は選手権4強で現在、プリンスリーグ関東で首位を独走する矢板中央(栃木)と対戦する。同じくプレミアリーグWEST所属の阪南大高(大阪2)はプリンスリーグ中国で戦う瀬戸内(広島)と対戦する。また、2016年全国2冠で、プレミアリーグEAST所属の青森山田(青森)は伊賀白鳳(三重2)と初戦で激突。
プレミアリーグ復帰を目指す、プリンスリーグ関西所属の神戸弘陵(兵庫)は國學院久我山(東京2)と、U-16日本代表のFW西川潤擁するプリンスリーグ関東所属の桐光学園(神奈川2)は一条(奈良)と初戦を戦う。また、U-18日本代表FW水野雄太擁するプリンスリーグ九州所属の大津(熊本)は初芝橋本(和歌山)との一戦に臨む。
▽北海道・東北
北海道1：札幌大谷(2年ぶり5回目)
北海道2：北海(10年ぶり８回目)
青森：青森山田(19年連続22回目)
岩手：盛岡商(2年ぶり31回目)
秋田：西目(7年ぶり10回目)
宮城：仙台育英(3年連続19回目)
山形：羽黒(3年ぶり8回目)
福島：尚志(9年連続11回目)
▽関東
茨城：明秀日立(3年ぶり3回目)
栃木：矢板中央(3年ぶり8回目)
群馬：前橋育英(2年連続15回目)
埼玉1：昌平(3年連続3回目)
埼玉2：浦和南(9年ぶり12回目)
千葉1：習志野(4年ぶり18回目)
千葉2：市立船橋(6年連続28回目)
東京1：関東一(4年連続5回目)
東京2：國學院久我山(3年ぶり9回目)
神奈川1：三浦学苑(6年ぶり6回目)
神奈川2：桐光学園(3年ぶり13回目)
山梨：山梨学院高等学校(4年ぶり5回目)
▽東海・北信越
新潟：新潟明訓(3年ぶり7回目)
長野：松本国際(3年ぶり3回目)
富山：富山第一(2年連続27回目)
石川：星稜(7年連続27回目)
福井：福井商(3年ぶり2回目)
静岡：藤枝東(11年ぶり13回目)
愛知1：東海学園(3年ぶり5回目)
愛知2：刈谷(2年ぶり9回目)
岐阜：中京(13年ぶり3回目)
三重1：三重(3年連続5回目)
三重2：伊賀白鳳(初出場)
▽関西
滋賀：草津東(3年ぶり13回目)
京都：東山(6年ぶり2回目)
奈良：一条(3年連続8回目)
和歌山：初芝橋本(2年連続15回目)
大阪1：関西大北陽(17年ぶり22回目)
大阪2：阪南大高(2年連続3回目)
兵庫：神戸弘陵(4年ぶり3回目)
▽中国・四国
鳥取：米子北(11年連続22回目）
島根：立正大淞南(11年連続13回目)
岡山：作陽(４年連続22回目)
広島：瀬戸内(2年ぶり6回目)
山口：高川学園(3年連続22回目)
香川：高松商(5年ぶり33回目)
徳島：徳島市立(5年連続17回目)
愛媛：宇和島東(8年ぶり2回目)
高知：高知中央(10年ぶり2回目)
▽九州・沖縄
福岡：東福岡(7年連続16回目)
佐賀：佐賀東(3年連続14回目)
長崎：長崎日大(12年ぶり5回目)
大分：:大分(3年ぶり11回目)
熊本：大津(3年ぶり19回目)
宮崎：日章学園(3年連続14回目)
鹿児島：神村学園(2年連続5回目)
沖縄：前原(4年ぶり4回目)
平成30年度全国高校サッカーインターハイ（総体）日程結果