1次予選を通過した28校と、2018年度全国総体4強の昌平や総体予選上位校、Sリーグ参加校が出場する第97回全国高校サッカー選手権埼玉予選の県大会の抽選会が9月12日に行われ、組み合わが決定した。
　1回戦では8年ぶりの王者を狙う西武台や15回目の選手権出場を狙う市立浦和などが登場する。西武台は国際学院と激突。市立浦和は三郷北と、狭山ヶ丘は川口北と対戦する。2回戦からは今年2冠の東京成徳大深谷や2015年度、2016年度の選手権出場校の正智深谷が登場する。東京成徳大深谷は慶應志木対杉戸の勝者と、正智深谷は盈進東野対深谷一の勝者と初戦を戦う。また、全国総体出場校の昌平と浦和南は3回戦からの登場となっている。2次予選の出場校は以下の通り。

【2次予選出場校】
▽全国総体出場校
昌平、浦和南
▽全国総体埼玉予選8強
成徳深谷、浦和学院、浦和東、正智深谷、武南、立教新座
▽Sリーグ参加校
S1リーグ:大宮南、聖望学園、西武台
S2リーグAブロック:埼玉栄、大宮東、浦和西、春日部東、慶應志木
S2リーグBブロック:西武文理、伊奈学園、国際学院、市立浦和、埼玉平成、狭山ヶ丘、本庄一
▽1次予選突破校
川越南、栗橋北彩、入間向陽、所沢中央、深谷、深谷第一、東農大三、熊谷、ふじみ野、所沢北、三郷北、東野、久喜北陽、浦和北、朝霞、川口北、杉戸、川越東、川越、県立浦和、大宮北、坂戸、本庄東、細田学園、県立川口、越ケ谷、独協埼玉、熊谷工