5月9日、アジアサッカー連盟(AFC)はマレーシアのクアラルンプールでAFC U-16選手権2020予選の組み合わせ抽選会を行った。
　同予選は9月14日から22日までラオスで実施され、参加国を11グループ(西地区：6、東地区：5)に分け、各グループの1位および各グループの2位の中から成績上位の4チームが本大会へと駒を進める。抽選の結果、日本はマレーシア、カンボジア、ラオスと同組のグループJに入っている。

■西地区
▽グループA
タジキスタン、ヨルダン(H)、ネパール、スリランカ、クウェート

▽グループB
インド、ウズベキスタン(H)、バーレーン、トルクメニスタン

▽グループC
イラン(H)、アフガニスタン、パレスチナ、モルディブ

▽グループD
オマーン、サウジアラビア(H)、シリア、パキスタン

▽グループE
イエメン、バングラデシュ、カタール(H)、ブータン

▽グループF
イラク、キルギス(H)、レバノン、UAE

■東地区
▽グループG
インドネシア(H)、中国、ブルネイ、フィリピン

▽グループH
オーストラリア、ベトナム(H)、東ティモール、モンゴル、マカオ

▽グループI
北朝鮮、香港、シンガポール(H)、グアム

▽グループJ
日本、マレーシア、カンボジア、ラオス(H)

▽グループK
韓国、タイ、ミャンマー(H)、台湾