7月15日、68校が出場する第99回全国高校サッカー選手権新潟予選の抽選会が行われ、組み合わせが決定した。今年度の抽選会は新型コロナウイルスの影響により参加校を集めた抽選会ではなく、各地区委員長による代理抽選となった。

　例年、県総体の結果に基づきシード校を決定していたが、今年度は県総体が中止となったため、昨年度の第98回全国高校サッカー選手権新潟予選の結果に基づいてシード校を決定することとなった。大会初日の8月29日は1回戦12試合と一部2回戦が行われる予定となっている。第98回全国高校サッカー選手権新潟予選覇者の帝京長岡と同準優勝校の日本文理、同4強の新潟明訓と北越などは3回戦からの登場となる。なお、決勝は11月3日の準決勝を経て7日にデンカビッグスワンスタジアムで開催される。