7月31日、日本サッカー協会(JFA)は新型コロナウイルス感染拡大の影響により大会形式を協議していた各地域サッカー協会主催の「高円宮杯 JFA U-18サッカーリーグ」2020年度限定リーグの概要を決定した。各リーグの編成は以下の通り。

【リーグ編成】
■北海道(8チーム)
北海道コンサドーレ札幌U-18
旭川実
札幌第一
駒大苫小牧
札幌大谷
札幌創成
東海大付属札幌
北海道大谷室蘭

■東北(12チーム)
▽Aグループ
青森山田
モンテディオ山形ユース
ベガルタ仙台ユース
遠野
聖光学院
ブラウブリッツ秋田U-18

▽Bグループ
尚志
青森山田セカンド
仙台育英
盛岡商
帝京安積
聖和学園

■関東 / プリンス(10チーム)
鹿島アントラーズユース
三菱養和SCユース
前橋育英
川崎フロンターレU-18
東京ヴェルディユース
帝京
桐生第一
矢板中央
山梨学院
昌平

■関東 / プレミア(8チーム)
浦和レッドダイヤモンズユース
大宮アルディージャU18
市立船橋
柏レイソルU-18
流通経済大学付属柏
FC東京U-18
横浜F・マリノスユース
横浜FCユース

■北信越(10チーム)
▽Aグループ
帝京長岡
アルビレックス新潟U-18
北越
新潟明訓
松本山雅FC U-18

▽Bグループ
富山第一
丸岡
星稜
カターレ富山U-18
ツエーゲン金沢U-18

■東海(14チーム)
▽Aグループ
名古屋グランパスU-18
JFAアカデミー福島U-18
静岡学園
帝京大学可児
浜松開誠館
常葉大学附
四日市中央工

▽Bグループ
清水エスパルスユース
ジュビロ磐田U-18
清水桜ケ丘
藤枝東
富士市立
藤枝明誠
中京大中京

■関西(14チーム)
▽Aグループ
京都サンガF.C. U-18
セレッソ大阪U-18
京都橘
興國
金光大阪
初芝橋本
履正社

▽Bグループ
ガンバ大阪ユース
ヴィッセル神戸U-18
阪南大高
東海大仰星
三田学園
大阪桐蔭
大阪産業大附

■中国(11チーム)
サンフレッチェ広島F.Cユース
岡山学芸館
米子北
作陽
立正大淞南
ファジアーノ岡山U-18
広島皆実
瀬戸内
就実
玉野光南
ガイナーレ鳥取U-18

■四国(10チーム)
愛媛FC U-18
徳島ヴォルティスユース
徳島市立
今治東中等教育学校
カマタマーレ讃岐U-18
大手前高松
高知中央
四国学院大学香川西
高知
尽誠学園

■九州(12チーム)
▽Aグループ
東福岡
サガン鳥栖U-18
アビスパ福岡U-18
大分トリニータU-18
九州国際大付
筑陽学園

▽Bグループ
大津
日章学園
神村学園
ロアッソ熊本ユース
V・ファーレン長崎U-18
国見