3回戦からは前回大会優勝校の秀岳館をはじめ、熊本農、東海星翔、熊本学園大附が初戦を迎えた。秀岳館は10発圧勝で4回戦に駒を進めた。熊本学園大附も30-0の大勝で今大会初戦を突破。また、熊本農や東海星翔、第90回大会以来の優勝を目指すルーテル学院らも勝利し4回戦進出を決めている。

3回戦の試合結果は以下の通り。

日程	対戦カード
2015.10.17	熊本農	2 - 1 試合終了	八代工	(0)
2015.10.17	文徳	0 - 1 試合終了	熊本工	(0)
2015.10.18	ルーテル学院	9 - 0 試合終了	多良木	(0)
2015.10.18	東海大熊本星翔	2 - 0 試合終了	熊本	(1)
2015.10.18	秀岳館	10 - 0 試合終了	熊本高専八代	(0)
2015.10.18	荒尾・岱志	0 - 4 試合終了	東稜	(0)
2015.10.18	鹿本	2 - 1 試合終了	翔陽	(0)
2015.10.18	熊本学園大付	30 - 0 試合終了	芦北	(0)
2015.10.18	熊本第二	2 - 0 試合終了	八代清流	(0)
2015.10.18	八代	2 - 1 試合終了	玉名工	(0)
2015.10.18	熊本商	6 - 1 試合終了	天草工	(0)
2015.10.18	九州学院	0 - 5 試合終了	鎮西	(0)