5月21日、28校が参加する「岐阜県高等学校総合体育大会兼平成28年度全国高等学校総合体育大会兼第63回東海高等学校総合体育大会サッカー競技県予選」の2回戦が各会場で開催された。
1回戦で岐山を下した関商工と前回大会優勝の岐阜工の一戦は1-0で岐阜工が勝利。同準優勝の帝京大可児と東濃実の一戦は9-0で帝京大可児が勝利し8強入りを決めた。また、昨年度の選手権出場校の各務原と飛騨高山の一戦はDF山田大夢らのゴールで4点を奪った各務原が4-0で勝利し初戦を突破した。
2回戦の試合結果は以下の通り。
2回戦
| 日程 | 対戦カード | |||
|---|---|---|---|---|
| 2016.05.21 | 帝京可児 | 9 - 0 試合終了 | 東濃実 |  |
| 2016.05.21 | 大垣西 | 0 - 1 試合終了 | 岐阜北 | |
| 2016.05.21 | 長良 | 2 - 0 試合終了 | 県立岐阜商 | |
| 2016.05.21 | 麗澤瑞浪 | 1 - 6 試合終了 | 中京 | |
| 2016.05.21 | 各務原 | 4 - 0 試合終了 | 飛騨高山 | |
| 2016.05.21 | 岐阜 | 1 - 0 試合終了 | 大垣工 | |
| 2016.05.21 | 吉城 | 0 - 2 試合終了 | 郡上 | |
| 2016.05.21 | 関商工 | 0 - 1 試合終了 | 岐阜工 | |
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