夏の全国総体を懸けた「高校サッカーインターハイ長崎予選」の3回戦が6月6日に開催され、長崎南山、創成館、海星、国見らが16強入りを果たした。前回大会優勝校で昨年度の選手権出場校の長崎南山は西陵に6-0で勝利。同準優勝の創成館は長崎東に勝利し次戦に駒を進めた。また、同4強の国見や同8強の海星も16強入りを果たした。
3回戦の試合結果は以下の通り。
3回戦
| 日程 | 対戦カード | |||
|---|---|---|---|---|
| 2016.06.06 | 長崎総科大附 | 4 - 0 試合終了 | 長崎南 |  |
| 2016.06.06 | 国見 | 2 - 1 試合終了 | 諫早商 | |
| 2016.06.06 | 長崎日大 | 3 - 1 試合終了 | 佐世保工 | |
| 2016.06.06 | 西陵 | 0 - 6 試合終了 | 長崎南山 | |
| 2016.06.06 | 猶興館 | 1 - 2 試合終了 | 大村工 | |
| 2016.06.06 | 長崎東 | 0 - 5 試合終了 | 創成館 | |
| 2016.06.06 | 長崎北陽台 | 0 - 2 試合終了 | 島原商 | |
| 2016.06.06 | 長崎明誠 | 1 - 5 試合終了 | 海星 | |
▽高校サッカーインターハイ長崎予選
高校サッカーインターハイ長崎予選日程・結果