4月21日、アジアサッカー連盟（AFC）は、マレーシアのクアラルンプールでAFC U-16選手権2018の予選の組み合わせ抽選会を実施し、日本はマレーシア、シンガポール、グアムとグループIで戦うことが決定した。グループの組み合わせは以下の通り。

▽グループA
ウズベキスタン、サウジアラビア（H）、ヨルダン、バーレーン、スリランカ

▽グループB
オマーン、タジキスタン（H）、シリア、トルクメニスタン、モルディブ

▽グループC
イラン（H）、キルギス、アフガニスタン、レバノン、ブータン

▽グループD
イラク、インド、パレスチナ、ネパール（H）

▽グループE
アラブ首長国連邦、イエメン、カタール（H）、バングラデシュ

▽グループF
朝鮮民主主義人民共和国、香港、チャイニーズ・タイペイ、マカオ、ブルネイ

▽グループG
タイ（H）、ラオス、東ティモール、北マリアナ諸島、インドネシア

▽グループH
韓国、中国、ミャンマー、フィリピン

▽グループI
ベトナム、オーストラリア、モンゴル（H）、カンボジア

▽グループJ
日本、マレーシア、シンガポール、グアム